Ziekten die dezelfde verschijnselen geven als het syndroom van Sjögren kunnen verwarring geven. De belangrijksten hiervan zijn: 

• de ziekte van Besnier-Boeck (sarcoïdose),
• amyloïdose en
• en beginnend lymfoom.

Veel geneesmiddelen, vooral geneesmiddelen tegen hoge bloeddruk en  depressiviteit, kunnen droogte van de slijmvliezen veroorzaken.

Soms wordt bij personen met het syndroom van Sjögren ten onrechte een andere diagnose gesteld. Het betreft dan vooral andere auto-immuunziekten zoals lupus erythematodes disseminates en reuma.  Voordeze twee voorbeelden geldt dit vooral, als er in het bloed antinucleaire antistoffen of reumafactoren voorkomen.

De belangrijkste vergissingen bij het stellen van de juiste diagnose: syndroom van Sjögren, worden gemaakt doordat niet wordt herkend dat het om een echte ziekte gaat. De patiënt wordt dan als een aansteller beschouwd of het wordt op 'de overgang' geschoven. Dit geldt vooral als eenvoudige bloedtesten normaal uitvallen.